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创建新机制
实验室在运行管理模式上进行了大胆的尝试，采用了一种新的管理机制，主要有以下方面：
1、建立创新基金
技术创新是事业发展的不竭动力。由依托单位自筹经费设立用于支持技术创新项目的专项基金，简称“创新基金”。创新基金是鼓励创造，有效规避当事人的风险所建立的一种创新机制。通过聘任专家、合作开发、自主研制等多种途径，更多地拥有技术含量高、市场前景广、经济效益好，且具有独立知识产权的新成果。

2、规范作业程序
实验室的项目管理按照ISO9001：2000国标和水科院质量管理体系文件执行。为了加强科研管理，明示项目作业程序，结合有关办法出台了《项目管理流程图》，其中共包括25项程序图。还出台了《水资源与水环境开放性实验室管理办法》、《实验室仪器设备管理制度》、《创新基金管理办法》等。这些管理办法的制定和实施，保证了实验室技术管理工作的规范化、制度化。

3、日常管理
实验室实行主任负责制，全员岗位聘任制。专家委员会是实验室科研发展的决策参谋机构，职责是把握实验室的研究方向，组织重大课题论证，重大科技成果评审等。实验室有1个综合实验中心和2个野外试验基地。综合实验中心隶属于开放性实验室并对外开放，实行有偿服务；由于2个试验基地的建设需投入大量的精力，因此在建设期间由水科院全方位管理，建成后纳入实验室管理。

实验室设独立账号，经济独立核算。

实验室建设期间，项目管理、财务管理、人事管理、职称评定、工资福利等工作归口依托单位管理。

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